年末調整により、従業員へ還付が生じた場合、源泉所得税の納付書にはその還付額を記載して、納付額から差し引くこととなっています。
令和６年分については、定額減税の影響もあるのか、納付額が０円になることが多いように感じています。
この場合は、多くのケースで、従業員への還付額について、その一部を「雇用主が自腹で負担している」ということになっています。
そのため、次回の源泉所得税の納付の際に、この自腹負担分を差し引くこととなります。
この処理を失念すると、自腹負担が永久に解消されず、雇用主による自己負担となりますのでお気を付けください。
詳しい処理については、「源泉所得税納付書 マイナス」などと検索すると、国税庁の納付書記載例が出てきますので、そちらを参考ください。（摘要欄に自己負担分を付記しておけば、次回の納付の際においての確認が行いやすいと思います）